Phụ tá Lisbon

Ngày 6 tháng 11 năm 1999, Tòa Thánh loan tin chọn linh mục Clemente làm Giám mục Hiệu tòa Pinhel, Phụ tá Tòa Thượng phụ Lisbon. Lễ tấn phong cho ngày 22 tháng 1 năm 2000, bởi chủ phong là Thượng phụ Lisbon José da Cruz Policarpo và hai giám mục phụ phong gồm Manuel Franco da Costa de Oliveira Falcão, Nguyên giám mục chính tòa Giáo phận Beja và Albino Mamede Cleto, Giám mục Phó Giáo phận Coimbra.[4] Tân giám mục chọn cho mình khẩu hiệu:In lumine tuo.[1]

Trong thời gian này, ông còn đảm trách chức vị Giám đốc Trung tâm Nghiên cứu Lịch sử Tôn giáo của Đại học Công giáo Bồ Đào Nha từ năm 2001 đến năm 2007.[2]

Giám mục Porto

Ngày 22 tháng 2 năm 2007, Tòa Thánh thuyên chuyển Giám mục Clemente làm Giám mục chính tòa Giáo phận Porto. Ông nhận giáo phận 25 tháng 3 cùng năm.[4] Dù chưa là Hồng y, nhưng ông đã được nhận phẩm phục đỏ của hồng y gồm mũ biretta và đai lưng đỏ.[2] Cùng năm, ông cũng nhận Giải thưởng Prémio Pessoa,[2] là một giải thưởng của Bồ Đào Nha được thành lập vào năm 1987 bởi tờ Expresso và được tài trợ bởi Caixa Geral de Depósitos. Hàng năm được cấp cho người hoặc người có quốc tịch Bồ Đào Nha, người trong thời gian đó và sau những hoạt động trước đó, là tâm điểm trong đời sống khoa học, nghệ thuật hay văn chương.[5] Năm 2010, ông được Tổng thống Brazil, Aníbal Cavaco Silva, trao tặng Huân chương Grand Cross Order of Christ. Ông còn được trao tặng Huân chương danh dự của Thành phố [Lisbon] vào ngày 25 tháng 4 năm 2011.[2]

Trong Hội đồng Giám mục, ông đã phục vụ với tư cách là Chủ tịch Ủy ban Văn hoá, Tài sản Văn hoá và Truyền thông Xã hội. Ông là tác giả của nhiều xuất bản phẩm và từ năm 2012 ông đã là thành viên của Hội đồng Giáo hoàng về Truyền thông Xã hội.[3] Từ năm 2011, ông là Phó Chủ tịch Hội đồng Giám mục Bồ Đào Nha trước khi được chọn làm Chủ tịch hội đồng này của ngày 19 tháng 6 năm 2013.[1]